Aux termes de l'article 19 des Statuts de l'Université Jean Moulin, le Conseil Scientifique contribue à la politique scientifique de l'établissement et assure la liaison entre l'enseignement et la recherche. Ses compétences sont les suivantes :
- Il est consulté sur les orientations des politiques de recherche, de documentation scientifique et technique.
- Il est consulté sur la répartition des crédits de recherche.
- Il est consulté sur les programmes de formation initiale et continue.
- Il est consulté sur la qualification à donner aux emplois d'enseignants-chercheurs et de chercheurs vacants ou demandés.
- Il est consulté sur les programmes et contrats de recherche proposés par les diverses composantes de l'Université, sur les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux, sur les projets de création ou de modification des diplômes d'établissement et sur le contrat d'établissement.
- En formation restreinte aux enseignants-chercheurs, il donne un avis sur les mutations des enseignants-chercheurs, sur l'intégration des fonctionnaires des autres corps dans le corps des enseignants-chercheurs, sur la titularisation des maîtres de conférence stagiaires et sur le recrutement ou le renouvellement des attachés temporaires d'enseignement et de recherche.
- Il donne un avis sur toute question qui lui est soumise par le Président de l'Université ou le Conseil d'Administration.
- Il peut émettre des voeux sur toute question relative à la politique scientifique de l'Université.