Aux termes de l'article 14 des Statuts de l'Université Jean Moulin Lyon 3, le Conseil d'Administration (CA) détermine la politique de l'établissement. Pour ce faire, il :

• approuve le contrat d'établissement de l'Université
• vote le budget et approuve les comptes de l'Université et de ses composantes
• approuve les accords et les conventions signés par le Président et, sous réserve des conditions particulières fixées par décret, les emprunts, les prises de participation, les créations de filiales et de fondations prévues à l'article L.719-12 du Code de l'Education, l'acceptation de dons et legs et les acquisitions et cessions immobilières
• adopte le réglement intérieur de l'Université
• fixe, sur proposition du Président et dans le respect des priorités nationales, la répartition des emplois qui lui sont alloués par les ministres compétents
• autorise le Président à engager toute action en justice
• adopte les règles relatives aux examens
• approuve le rapport annuel d'activité, qui comprend un bilan et un projet, présenté par le Président
• Constitué en section disciplinaire, exerce le pouvoir disciplinaire en premier ressort à l'égard des enseignants-chercheurs, enseignants et usagers
• répartit, sur proposition du Président, l'ensemble des ressources, des emplois et des charges de l'Université entre les composantes et les services communs ainsi que les locaux et les matériels
• répartit les crédits de recherche après avis du Conseil Scientifique
• approuve les statuts et les structures internes des composantes de l'Université
• approuve la création de services communs avec d'autres établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel ou avec d'autres Universités
• fixe les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération des personnels