Structurée autour de l'équipe présidentielle et encadrée par des textes statutaires et réglementaires, la gouvernance de l'Université se caractérise par son aspect collégial et démocratique.

Le fonctionnement de l'Université s'effectue, en effet, par le biais d'organes que sont notamment les Conseils, Comités et Commissions.

La composition de ces organes qui regroupe, selon les cas, des représentants des personnels enseignants, des représentants des personnels administratifs, des représentants des étudiants ou des personnalités extérieures, permet d'associer les différents publics de l'Université à son fonctionnement. A l'instar du Président de l'Université, ces représentants procèdent de l'élection par le biais de scrutins directs ou indirects régulièrement organisés.

Les différents organes, selon leur nature, émettent des avis, formulent des propositions ou rendent des décisions exécutoires sur les différentes questions qui intéressent l'établissement.

Les sections disciplinaires du Conseil d'Administration, compétente à l'égard des personnels pour l'une et à l'égard des étudiants pour l'autre, sont à même de prononcer des sanctions à l'encontre d'auteurs d'infractions aux règlements.
L'ensemble des actes tels que les arrêtés du Président de l'Université, les délibérations du Conseil d'Administration et les décisions des sections disciplinaires fait l'objet d'une publicité par sa publication au sein de l'intranet.